Algunos internos habrían sido sacados del penal para cometer ilícitos, entre ellos atracos y hasta homicidios, aunque estas afirmaciones no han sido comprobadas.
El juicio, marcado por denuncias de torturas, detenciones ilegales y órdenes de aprehensión contra agentes involucrados en las capturas, ha sido objeto de controversia por el uso reiterado de evidencias ilícitas.
El Icatlax brinda capacitación a los Ceresos de Tlaxcala, al anexo femenil, al regional de Apizaco y al Centro de Internamiento de Instrucción de Medidas para Adolescentes del Estado de Tlaxcala